文献类型：期刊文章

作　　者：郭英飞[1,2] 王玉飞[3] 龚春丽[1] 杨明娟[1] 袁久云[1] 庄妤冰[1] 柯跃华[1] 杜昕颖[1] 汪舟佳[1] 陈泽良[1]

机构地区：[1]军事医学科学院疾病预防控制所,北京100071 [2]空军司令部门诊部,北京100843 [3]武警总医院检验科,北京100069

出　　处：《中国人兽共患病学报》

基　　金：国家自然科学基金(81171530);北京市科技新星资助项目(Z131102000413062);北京市自然基金项目(6122030)~~

年　　份：2015

卷　　号：31

期　　号：3

起止页码：216-221

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSA-PROQEUST、CSCD、CSCD2015_2016、IC、JST、PROQUEST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、ZR、核心刊

摘　　要：目的对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序,鉴定基因组中新的转录本和非编码RNA。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA,去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA,PCR扩增后进行测序,以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图,通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RNA的鉴定。结果测序数据分析显示,reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比,有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸,并发现了16个新的转录本。根据测序结果,共鉴定出241条候选的非编码RNA(sRNA),进一步的RT-PCR验证结果显示,预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本,布鲁氏菌中存在非编码RNA且在不同条件下有差异表达。

关 键 词：布鲁氏菌 RNA-SEQ 转录组  SRNA

分 类 号：R378.5]