文献类型：期刊文章

作　　者：彭瑛[1] 张峰[2]

PENG Ying;ZHANG Feng(Department of Biostatistics and Computational Biology,School of Life Sciences,Fudan University,Shanghai 200438,China)

机构地区：[1]复旦大学生命科学学院生物统计学与计算生物学系,上海200438 [2]复旦大学附属金山医院心内科,上海201508

出　　处：《解剖学研究》

基　　金：复旦大学附属金山医院青年科研启动基金(JYQN-JC-202010)。

年　　份：2021

卷　　号：43

期　　号：4

起止页码：295-301

语　　种：中文

收录情况：CAS、ZGKJHX、普通刊

摘　　要：目的探讨RNA编辑在小鼠心脏发育过程中的动态变化并对其功能影响进行分析预测。方法从ArrayExpress数据库获取小鼠心脏发育的转录组数据(E-MTAB-6798),使用SPRINT和ANNOVAR工具识别和注释RNA编辑位点,从编辑酶表达水平、编辑位点数、样本编辑水平和编辑指数方面描述RNA编辑的动态变化,并通过差异编辑及共编辑网络分析探究RNA编辑的功能和意义。结果在55个样本中共识别出122554个非冗余的RNA编辑位点,样本的编辑水平和编辑指数在小鼠心脏发育过程中变化明显,且出生两周后样本中的RNA编辑更加特异。心脏发育过程中差异编辑的位点可能通过影响miRNA与mRNA的结合调控着免疫相关基因的表达。与心脏整个发育过程显著相关的共编辑模块显示与趋化因子配体2的产生和编码心脏肌球蛋白α重链亚基的Myh6基因有关。结论RNA编辑可能影响着小鼠心脏发育过程中的免疫活动,并且影响着Myh6等基因的正确编码。

关 键 词：RNA编辑 心脏发育 转录组 腺苷脱氨酶

分 类 号：Q344]