文献类型：期刊文章

作　　者：苏雅静[1] 乔霞[1] 汪澎涛[1] 康宇婷[1] 杨宁爱[1] 贾伟[1,2] 赵志军[1,2]

SU Ya-jing;QIAO Xia;WANG Peng-tao;KANG Yu-ting;YANG Ning-ai;JIA Wei;ZHAO Zhi-jun(Ningxia Key Laboratory of Clinical and Pathogenic Microbiology,General Hospital of Ningxia Medical University,Yinchuan 750004,China;Laboratory Center of Medicine,General Hospital of Ningxia Medical University,Yinchuan 750004,China)

机构地区：[1]宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室,银川750004 [2]宁夏医科大学总医院医学实验中心,银川750004

出　　处：《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》

基　　金：宁夏自然科学基金(2019AAC03227);第四批宁夏青年科技人才托举工程项目(TJGC2019089)。

年　　份：2021

卷　　号：39

期　　号：4

起止页码：473-479

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CSCD、CSCD2021_2022、核心刊

摘　　要：目的利用生物信息学方法分析刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)棒状体蛋白16Ⅲ(ROP16Ⅲ)重组表达载体转染人肺腺癌A549细胞后的基因表达谱,筛选致病候选基因。方法构建真核表达载体pEGFP-N1-ROP16Ⅲ。将A549细胞分为未转染组、pEGFP-N1组、pEGFP-N1-ROP16Ⅲ组,后两组分别用pEGFP-N1、pEGFP-N1-ROP16Ⅲ质粒进行瞬时转染,48 h后收集各组细胞,提取总RNA,纯化后进行芯片杂交分析,筛选差异表达基因(DEG)。将DEG进行基因本体(GO)功能富集分类和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用ToppGene从DEG中筛选弓形虫ROP16Ⅲ致病候选基因。利用STRING在线分析软件对候选基因所编码的蛋白质进行蛋白间相互作用(PPI)网络分析。结果pEGFP-N1-ROP16Ⅲ转染A549细胞后共有566个基因表达差异显著,其中382个基因上调,184个基因下调。对DEG进行生物信息学分析,共获得997条GO注释和50条KEGG信号通路。这些DEG参与了多种生物学过程,包括防御反应、I型干扰素信号通路、先天免疫应答、对外界生物刺激的反应等;参与的信号通路主要集中在抗原处理及呈递,细胞质DNA传感通路,Toll样受体信号通路,NOD样受体信号通路等。ToppGene筛选共获得14个弓形虫ROP16Ⅲ致病候选基因,其中C-X-C基序趋化因子配体11(CXCL11)、Toll样受体3(TLR3)、C-C基序趋化因子26(CCL26)、人类白细胞抗原-E(HLA-E)、早幼粒白血病基因(PML)及信号转导子与转录激活因子2(STAT2)等6个基因在弓形虫方面的研究尚未见报道。PPI网络构建分析发现,DEG编码的蛋白质PPI网络由376个节点(蛋白质)和1152条边(相互作用关系)组成,STAT2、HLA-E和PML位于PPI网络的中心节点处,删除这些关键节点后PPI网络结构涣散。通路富集分析结果显示,CXCL11等6个基因共涉及12条信号通路,主要与趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、程序性坏死、内吞作用及细胞因子-细胞因子受体相互作

关 键 词：弓形虫ROP16Ⅲ  表达谱 生物信息学  蛋白互作网络  

分 类 号：R382.5]