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表皮葡萄球菌SE1457与vraSR突变株转录组测序比较分析
Comparison analysis on the transcriptome sequencing of Staphylococcus epidermidis SE1457 and its isogenic vraSR mutant strain
文献类型:期刊文章
SUN Shi-zheng;MENG Yuan-yuan;ZHANG Wei-na;DIAO De-rui;CEHNG Xiao-ting;WU You-cong(Integrated Lab of Pathogenic Biology,School of Basic Medical Sciences,Dali University,Dali,Yunnan 671000,China)
机构地区:[1]大理大学基础医学院病原生物学综合实验室,云南大理671000
基 金:国家自然科学基金项目(No.82060380,81660346);复旦大学教育部/卫健委医学分子病毒学重点实验室开放课题(No.FDMV-2021002)。
年 份:2022
卷 号:17
期 号:11
起止页码:1241-1246
语 种:中文
收录情况:BDHX、BDHX2020、CAB、CSCD、CSCD2021_2022、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊
摘 要:目的筛选和验证VraSR调控的下游靶基因,为表皮葡萄球菌vraSR生物学功能研究提供参考。方法在加与未加万古霉素(Van+/Van-)两种条件下,抽提表皮葡萄球菌SE1457及其同源性vraSR突变株RNA,构建cDNA文库(每个菌株3个独立样品),采用Illumina HiSeq进行转录组测序,差异表达基因筛选标准为Q value<0.05,且表达值变化倍数FC≥2(FDR校正P<0.05,t检验),对差异表达基因进行GO及KEGG分析,并进行qRT-PCR验证。结果与SE1457野生株相比,Van+条件下vraSR突变株有39个差异表达基因(16个下调,23个上调),Van-条件下vraSR突变株有61个差异表达基因(35个下调,26个上调),差异表达基因主要涉及糖代谢、磷酸戊糖途径、三羧酸循环等。Van+/Van-2种条件下qRT-PCR检测生物膜形成相关基因icaA相对表达量分别为0.44±0.06和0.17±0.05(P<0.01),icaR为4.35±0.79(P<0.01)和9.27±4.4(P<0.05),未发现耐药相关基因(pbp2,sgtB,murZ)转录水平改变(P>0.05)。结论表皮葡萄球菌VraSR可能通过ica途径调控生物膜形成,并通过调节肽聚糖合成相关基因的转录间接影响耐药性。
关 键 词:万古霉素耐药相关双组分系统 转录组测序分析 表皮葡萄球菌
分 类 号:R378]
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