文献类型：期刊文章

作　　者：张婷[1,2] 张爱丽[1,2] 周旭红[3] 刘小莉[1,2]

Zhang Ting;Zhang Aili;Zhou Xuhong;Liu Xiaoli(College of Traditional Chinese Medicine,Yunnan University of Chinese Medicine,Kunming,650500;Yunnan Provincial Key Laboratory of Molecular Biology for Sino Medicine,Yunnan University of Chinese Medicine,Kunming,650500;Scientific Research and Experiment Center of Yunnan University of Traditional Chinese Medicine,Kunming,650500)

机构地区：[1]云南中医药大学中药学院,昆明650500 [2]云南中医药大学,云南省中医药分子生物学重点实验室,昆明650500 [3]云南中医药大学科研实验中心,昆明650500

出　　处：《分子植物育种》

基　　金：国家自然科学基金项目(81660634);云南中医药大学中药学院学科建设经费项目(2019ZY014);云南省高校药用食用花卉科技创新团队项目(2020YGC01);云南省中医药大学分子生物学重点实验室项目(30270105850)共同资助。

年　　份：2023

卷　　号：21

期　　号：21

起止页码：7025-7036

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2020、CAB、CAS、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：紫红獐牙菜是重要的民族药,本研究采用高通量测序技术对紫红獐牙菜进行转录组测序并分析。结果显示,完成的15个样品的转录组测序,获得112.17 Gb Clean data,各样品Clean data均达到6.18 Gb,Q30碱基百分比在94.96%及以上。组装后共获得47 106条unigene,其中长度在1 kb以上的unigene有18 971条。通过与KEGG、GO、KOG、COG等多个数据库进行比对,对unigene进行功能注释,共获得35 375条unigene。GO数据库中注释到的26 570条unigene,可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类共44个亚类。以KEGG数据库为参考,21 321条基因被注释,参与的代谢通路分为5大类,分别是细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、代谢和有机系统,其中与代谢相关的通路最多,约占所用通路的72.5%;KEGG代谢通路分析发现紫红獐牙菜中1 147条unigene参与到22个次生代谢标准通路中,有77条unigene参与编码环烯醚萜苷类合成通路中的25个关键酶。此外,紫红獐牙菜转录组中找到9 027个SSR重复位点,6种SSR重复类型,最多的为双碱基重复占66%,最少的为六碱基重复,占0.1%。本研究结果填补了紫红獐牙菜的转录组数据空白,为该植物合理利用与品质调控提供一定的帮助。

关 键 词：紫红獐牙菜(Swertia purpurea)  转录组 基因注释 次生代谢

分 类 号：S567]