文献类型：期刊文章

作　　者：华吉祥[1,2] 陶易凡[2] 李岩[1,2] 王庆春[1] 陈文华[3] 诸葛燕[3] 张茂友[3] 董亚伦[2] 路思琪[2] 姜冰洁[2] 强俊[1,2]

HUA Jixiang;TAO Yifan;LI Yan;WANG Qingchun;CHEN Wenhua;ZHUGE Yan;ZHANG Maoyou;DONG Yalun;LU Siqi;JIANG Bingjie;QIANG Jun(Wuxi Fisheries College,Nanjing Agricultural University,Wuxi 214081,China;Key Laboratory of Freshwater Fisheries and Germplasm Resources Utilization,Ministry of Agriculture and Rural Affairs/Freshwater Fisheries Research Center,Chinese Academy of Fishery Sciences,Wuxi 214081,China;Suzhou Aquatic Technology Extension Station,Suzhou 215004,China)

机构地区：[1]南京农业大学无锡渔业学院,江苏无锡214081 [2]中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室,江苏无锡214081 [3]苏州市水产技术推广站,江苏苏州215004

出　　处：《中国水产科学》

基　　金：国家重点研发计划项目(2022YFE0139600);科技创新2030-重大项目(2023ZD04065);苏州市科技计划项目(SNG2021009);江苏省种业振兴“揭榜挂帅”项目(JBGS[2021]130);加州鲈产业重大技术协同推广计划项目(2022-ZYXT-07);中国水产科学研究院淡水渔业研究中心基本科研业务费项目(2023JBFR02)。

年　　份：2024

卷　　号：31

期　　号：3

起止页码：241-256

语　　种：中文

收录情况：AJ、BDHX、BDHX2023、CAB、CAS、CSCD、CSCD2023_2024、JST、RCCSE、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：大口黑鲈(Micropterussalmoides)生长性状是衡量品质与产量的重要标准,开发快长SNP标记与挖掘优势基因型及生长主效基因,有助于进一步解析其生长发育遗传机制,为选育优质高产新品系奠定基础。基于简化基因组测序技术(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq),在大口黑鲈美国北方亚种F0生长性状极端群体(体重极大前1%和极小后1%)中,筛选了与生长性状存在潜在关联的SNP位点,利用一般线性模型(generalizedlinear model,GLM)将SNP位点基因型与230尾F0个体的体重、体长、体高和体厚进行相关性分析,此外通过基因注释信息预测生长候选基因,并结合优势基因型加性效应分析优势基因型聚合效果。在大口黑鲈23条染色体上发现了4196486个高质量SNPs,基于种群特异基因型频率阈值0.7,初步筛选出100个与生长性状潜在相关的SNP位点。关联性分析显示,有12个SNP标记存在显著关联,包括5个标记与体重显著关联,10个与体长显著关联,4个与体高显著关联,5个与体厚显著关联。其中标记SNP19140160、SNP24406191、SNP3355498和SNP9244620分别定位至生长候选基因fam174b、diaph2、kiaa1549lb和ppip5k1b上。富集6~10个优势基因型的群体较富集0~5个优势基因型的群体在平均体重、体长、体高和体厚上分别提高了32.07%、9.63%、9.96%和10.58%。本研究所鉴定的12个快长SNP标记和4个生长候选基因可助力大口黑鲈生长性状改良。

关 键 词：大口黑鲈 简化基因组测序  SNP  生长性状 优势基因型  

分 类 号：S917[水产类]