文献类型：期刊文章

作　　者：孙康[1] 杨明[1] 马立[1] 李田[2] 赵玉芳[3]

机构地区：[1]西南大学计算机与信息科学学院,重庆400715 [2]西南大学生物技术学院家蚕基因组生物学国家重点实验室,重庆400716 [3]西南大学教师教学发展中心,重庆400715

出　　处：《西南大学学报（自然科学版）》

基　　金：国家自然科学基金面上项目(31371055);中央高校基本业务费专项资助项目(XDJK2015A010)

年　　份：2017

卷　　号：39

期　　号：4

起止页码：138-143

语　　种：中文

收录情况：BDHX、BDHX2014、CAB、CAS、CSCD、CSCD_E2017_2018、JST、RCCSE、WOS、ZGKJHX、核心刊

摘　　要：多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值.本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象,根据该物种的基因表达偏好设计了一个算法,对其PolyA位点进行预测分析.首先,采用k阶核苷酸频率形式和位置权重矩阵形成初始的特征,然后用PCA降低特征空间的维数,得到的数据用机器学习方法进行分析,产生一个较好的分类结果.其中基于支持向量机的实验得到的敏感度(Sp)和ACC分别达到了87.33%和85.14%,这在微孢子虫的PolyA位点预测上取得了较为理想的效果,并为以后机器学习算法在微孢子虫基因预测领域做了很好的尝试.

关 键 词：PolyA信号  微孢子虫 位置权重矩阵 机器学习  

分 类 号：Q78]