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浙江大学生命科学学院生物信息学系 收藏

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研究主题:生物信息学    网络    水稻    RNA    高通量测序    

研究学科:生物科学类    环境科学与工程类    自动化类    

被引量:28H指数:3WOS: 2 北大核心: 3 CSCD: 3

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13 条 记 录,以下是 1-10

大数据时代的整合生物信息学
1
《生物信息学》浙江大学生命科学学院 陈铭  出版年:2022
国家自然科学基金项目(No.32070677,31771477)。
随着生物数据测量技术的不断发展,生物数据的类型、内容、复杂度不断增加,生物信息学已迈入大数据时代。面对大数据时代多模态、多层次、高维度、非线性的复杂生物数据,生物信息学需要发展相应的方法和技术进行有效整合生物信息学研究与...
关键词:整合生物信息学  生物系统 组学  大数据 问题  对策  
毛竹细胞色素P450的基因组学分析
2
《植物生理学报》浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地;浙江大学生命科学学院生物信息学系 林翩翩 白有煌 周明兵  出版年:2014
国家自然科学基金(31270645和31170565);浙江省自然科学基金杰出青年项目(LR12C16001)
细胞色素P450单加氧酶(P450s)是一类在450 nm处有特征吸收峰的血红素硫蛋白基因超家族,在许多物质代谢中至关重要,还与解毒代谢密切相关。在毛竹基因组中鉴定出41个P450家族,共197个成员,涉及10个基因簇(...
关键词:毛竹 细胞色素P450 基因结构 系统进化树 进化
系统生物学(Systems Biology)的几大重要问题
3
《生物信息学》浙江大学 生命科学学院 生物信息学系 陈铭  出版年:2007
国家自然科学基金(20276026);福建省自然科学重点项目基金资助(D0120002)
近几年来,系统生物学从正式提出到受到普遍关注和研究,对生物学的研究发展起了革命性的变化。主要从系统生物学的发展及其内容进行分析,讨论了生物数据整合,模型建立和模拟分析等几点关键性的问题,并展望了系统生物学的研究。
关键词:系统生物学 生物信息学 整合生物学  整合生物信息学  重要问题  
问号钩端螺旋体毒力相关蛋白InvA转录和表达特征的研究
4
《中华微生物学和免疫学杂志》浙江大学医学院病原生物学系;浙江大学生命科学学院生物信息学系 罗依惠 陈铭 李立伟 钱景 严杰  出版年:2009
目的确定我国不同基因种问号钩端螺旋体(简称钩体)参考标准株携带毒力相关基因invA的情况,了解问号钩体赖株感染细胞前后invA基因转录和表达水平的变化。方法采用PCR检测4个不同基因种问号钩体株及双曲钩体PatocI株i...
关键词:问号钩端螺旋体 侵入/感染  invA基因  转录/表达  
多层网络模型在水稻与癌症蛋白质互作网络中的应用
5
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》浙江大学生命科学学院生物信息学系 翁宇豪 陈铭  出版年:2017
国家重点研发计划项目(2016YFA0501704);国家自然科学基金(31571366;31371328);浙江省公益性技术应用研究计划(2015C32057)
网络是研究系统间连接结构的学科方法与研究技术。本文介绍单层网络和多层网络模型的数学理论,以及多层网络中多重度、重叠度与激活度、重叠性、度关联函数、参与系数以及度相关系数的概念,并将这些分析方法运用到了水稻细胞、癌症细胞和...
关键词:单层网络  多层网络 水稻细胞 癌症 正常组织  
基于大规模DNA微阵列数据的调控亚网络的重建
6
2006年中国科学院智能计算与生物信息学学术研讨会 2006陈晓辉 宁开达 陈铭  出版年:2006
DNA微阵列技术在一次实验中可以产生了全基因组的基因表达数据,如何从这些海量的表达数据中挖掘出我们感兴趣的基因之间相互作用的信息,即反向工程,是目前的研究热点之一。本文将介绍一种整合生物学知识先验的方法,基于现有的贝叶斯...
关键词:DNA微阵列 基因表达 调控网络构建  贝叶斯网络 机器学习  
分子调控网络整合生物信息学研究
7
2019中国化学会第十五届全国计算(机)化学学术会议 2019陈铭  出版年:2019
生命科学研究随着组学技术的不断发展和相关数据的不断积累,生物分子调控网络的生物信息学研究已从简单的基因调控网络建模发展到包括非编码RNA调控的各层次的分子调控网络、基于时间序列的动态调控网络以及全细胞水平的整合分子网络。...
关键词:生物信息学 组学  整合  分子调控网络  非编码RNA
CircPro:一个识别具有蛋白编码潜能性环状RNA的工具
8
2017“农业健康与环境”组学大数据整合生物信息学研讨会 2017孟宪文 陈铭  出版年:2017
环状RNA(circRNA)作为一类内源性RNA,广泛存在于真核细胞中.它在不同生物学过程中不断涌现的作用表明,circRNA是RNA世界重要的成员之一.大多数circRNA是通过mRNA前体反向剪切产生,形成了没有5'...
关键词:环状RNA  核糖体 蛋白编码潜能性  高通量测序
基于R shiny框架的单细胞数据分析平台
9
2018浙苏两省生物信息学学术研讨会 2018薛继统 周银聪 陈铭  出版年:2018
流式细胞仪分析技术在细胞生物学、生物医学等多个领域的研究过程中发挥着至关重要的作用。随着CyTOF 技术以及单细胞测序技术的发展,高维度,大规模的数据分析方式成为了当下对细胞数据分析的一种硬性需求,因此快速高效地自动化细...
关键词:CytoSEE  细胞类型预测  Consboost  细胞分群  PhenoCL  
CircPro:一个识别具有蛋白编码潜能性环状RNA的工具
10
“农业健康与环境”组学大数据整合生物信息学研讨会 2017孟宪文; 陈铭;  出版年:2017
环状RNA(circRNA)作为一类内源性RNA,广泛存在于真核细胞中。它在不同生物学过程中不断涌现的作用表明,circRNA是RNA世界重要的成员之一。大多数circRNA是通过mRNA前体反向剪切产生,形成了没有5’...
关键词:环状RNA  核糖体 蛋白编码潜能性  高通量测序
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